Gröningen liegt im Übergangsgebiet zwischen dem hügeligen, nördlichen Harzvorland und der Landschaft der Magdeburger Börde an der Bode, am Rande der Ausläufer des Hakels, zwischen der Landeshauptstadt Magdeburg und dem Harz. Der Stadtteil Kloster Gröningen ist im Mündungsdreieck zwischen Holtemme und Bode angesiedelt.