Krottdorf liegt bei Gröningen im Landkreis Börde und gehört zur Verbandsgemeinde Westliche Börde. Aus der Luft wird die kompakte Ortsstruktur zwischen der Bode, landwirtschaftlich genutzten Flächen und kleineren Waldgebieten besonders deutlich. Die Flusslandschaft der Bode und die abwechslungsreiche Bördelandschaft prägen das Erscheinungsbild des Ortes.